用Addgene的AAV数据中心庆祝开放数据日!

由安吉拉Abitua

我们是所有形式的研究分享的忠实粉丝开放数据日20203月7日来,庆祝开放数据共享是什么更好的方法,而不是addgeneAAV数据集线器!我们于2019年启动了这一试点项目,作为一个开放的科学平台,供科学家使用Addgene AAV病毒准备物,轻松找到和分享有用的技术数据。这些数据关注的是实验设计和这些工具的使用,在出版物中并不总是容易找到,所以这是一个急需的社区资源。科学家无需在研究文章中煞费苦心地搜索实验细节,而是可以使用AAV数据中心快速找到他们需要的细节,以便使用特定的AAV工具规划他们的下一个实验。他们可以通过血清型、启动子或工具类型等特定特征搜索数据库,每个条目包含一张图像以及关键的实验细节(如滴度、注射部位、使用的动物品系)。类似于Addgene质粒存款人的善意,这个超过100个条目的日益增长的资源是由使用AAV工具的数据贡献研究人员的专门社区驱动的。

病毒形状的词云在Addgene的AAV数据中心创建了脑部注射站点
此单词云(使用WordArt.com)表示来自AAV数据集线器的脑注入站点上的贡献数据。

搜索AAV数据集线器

如何共享您的AAV数据

您是否使用Addgene AAV工具,并希望加入我们不断增长的群体Addgene AAV数据共享冠军还是如果您最近使用了AddGene AAV工具,我们邀请您为社区贡献您的数据以增加此资源。有一些简单的步骤,你可以接受输入您的数据用于在网站上共享。条目表格有5个普通问题类型,如果您准备好所有数据,大约需要15分钟或更短时间。所有这些问题都涉及您应该被记录为良好的可重复和记录保存实践的因素。事实上,当您正在运行下一个AAV实验时,使用这些问题作为设计未来注射实验的指南。让您的数据或实验室笔记本方便吗?

  1. 联系信息:请给我们您的联系方式,以便我们有任何问题可以跟进,以便我们给您答复识别共享数据。

  2. 材料:您使用了哪种病毒和血清型以及您使用的动物科目?对于动物科目,报告遗传背景和目录号或者是有帮助的RRID如果它的存在。这是很有帮助的,因为观众会确切地知道你用的是哪一种菌株,所以如果他们想复制你的实验,他们就知道从哪里得到这种菌株。

  3. 实验设计与方法:这些问题集中在注射和检测方法上。例如,您可以提供注射时的位置、滴度剂量(例如:1E13 GC/mL)和受试者年龄。注射后你等了多久才开始做实验?你们对AAV货的表达采用了什么检测方法?你是否使用了GCaMP表达式?直接荧光?免疫组织化学吗?你有否使用任何有关的动物治疗条件,如药物(化学物质)或灯光(Optimetics.)激活受体?如果您在设计实验的过程中,请阅读我们的博客文章使用aav时的注意事项

  4. 实验结果:这些是您对实验结果的观察和评估。例如,如果您在AAV注入后可视化表达式,则最终显示您的病毒的区域和小区类?如果您使用的是遗传工具,它是否按预期运行?如果您的实验不起作用,我们也会采取负面数据,同样重要的是报告。我们最近在神经内术中发表了一篇论文,并汇总了一些使用AAV进行精确神经元靶向的考虑在我们的博客。

  5. 图片:最后和必需的步骤需要提交您生成的带有标题的实验图像结果。对于显微镜图像,请包括通道图像,探针/染料/标签的颜色图例,使用的显微镜类型,和物镜使用。如果图片不是你自己制作的,而且图片是受版权保护的,你需要获得版权所有者的书面批准,并有机会引用图片,给出适当的归属。

我们希望这提供了一个清晰的概述,您需要提交的数据。请注意,数据中心目前仍在测试版本,所以我们一直在寻找方法,以改善查看或数据沉积体验。如果在提交或查看数据后你有任何反馈,我们很感激你通过这个分享它形式

为了纪念开放数据日,我们想给大家shoutout感谢所有为AAV数据中心做出贡献的科学家。如果你还没有,我们鼓励你在中心分享你的AAV数据,这一切都是为了发展这个开放的数据资源和加速可重复的研究。

在AAV数据中心分享您的数据!


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