科学家绘制sars - cov -2-人类相互作用网络地图

本文由加州大学旧金山分校QBI冠状病毒研究小组的Manon Eckhardt和Melanie Brewer。

从我们都敏锐地意识到SARS-CoV-2的威胁到现在只有几个月了。像科学界的许多人一样，我们也被激励去做任何事情，尽我们所能来帮助找到治愈方法——而且很快。通常情况下，药物发现是一个需要数年和数百万美元（如果不是数十亿美元的话）的过程，但通过从一个新的方向着手，我们希望能更快地完成这一过程。

几年的科学，几周就完成了

图1:在一天内寄出80个联邦快递信封，同时保持社交距离。从前到后:David Gordon, Jeff Guo, Fengbo Zhou, Paddy O 'Leary (UCSF)。

我们的方法是发现可以靶向的关键人类蛋白(希望通过现有的安全、有效且已获fda批准的治疗方法)。这是一项艰巨的任务，但在妮娃Krogan在加州大学旧金山分校，我们召集了来自20多个实验室的科学家组成了一个网络，以形成一个QBI冠状病毒研究组这样做。

在不到一个月的时间里，我们发表了文章BioRxiv描述了一个全面的SARS-CoV-2病毒-人类相互作用网络，在该网络中，我们在人类细胞中表达了29种SARS-CoV-2病毒蛋白中的26种，并使用这些病毒“诱饵”蛋白捕捉与病毒相互作用的人类“猎物”蛋白。结果，我们鉴定了332种病毒在细胞中与之相互作用的人类蛋白质。由于病毒在其生命周期中依赖于人类蛋白质的帮助，因此识别这些SARS-CoV-2的潜在人类帮手（尤其是那些可药物治疗的帮手）是我们战略中的关键一步，我们要为病毒劫持人类细胞的行为投下一把治疗性的扳手。更妙的是，超过一半的打击这些蛋白质的药物已经获得FDA批准，或者已经在临床试验或临床前研究中。我们正在与巴黎和纽约的合作者一起跟进这些线索。

我们希望你们加入抗击冠状病毒的战斗

我们刚刚开始了解SARS-CoV-2如何与人类蛋白质相互作用。例如，我们在第一次研究中使用了HEK293T细胞，但我们计划很快扩展到其他细胞类型，包括更多生理相关系统，以捕捉所有重要的相互作用。确定我们在地图中发现的人类相互作用者是否对病毒复制有影响也很重要。当我们和我们的合作者开始这些实验的时候，有很多事情要做，我们可以利用整个科学界的帮助。你可能是下一位参与全球抗击SARS-CoV-2的科学家。由于我们都受到了流感大流行的各种影响，很明显，我们必须团结一致（相距6英尺），对抗新的冠状病毒。

为了帮助你开始，这里有一些关键的细节。我们的构建包括除Nsp3和Nsp16之外的所有SARS-CoV-2病毒蛋白，并包括一个额外的催化死亡版本的病毒蛋白酶，Nsp5。我们的集合还包括一个作为控件的GFP构造。为了便于携带，所有的病毒基因都被EcoR我和砰限制网站-所以克隆项目应该是有趣和直接的。所有结构都带有2xstrep标签，便于检测和亲和纯化。所有只有一个在pLVX矢量背景中，因此，如果需要，您可以将它们包装到慢病毒载体中。此外，他们有一个IRE188完整比分直播S Puro标记，以促进稳定的细胞克隆选择。表达由相当强的EF1alpha启动子驱动。我们已经通过Western Blot验证了25个结构体中大小正确的蛋白质的表达，并通过质谱确认了其余两个病毒蛋白的表达。只有Nsp11比预期的要大，Orf7b在我们的研究中提供了很多背景信息——所以你可能需要小心这些克隆（并帮助我们了解那里发生了什么！）。

找到克罗根实验室SARS-CoV-2质粒

(注:Nsp6结构正在进行质量控制，不久即可使用。注册电子邮件提醒克罗根实验室的Addgene页面得到通知！）

攻击冠状病毒，一次一个联邦快递包裹

自从我们的论文发表以来，我们的团队收到了大量要求与其他研究人员分享我们的质粒的请求。我们很高兴看到这么多人对此感兴趣，因为这意味着更多的科学家将更快地研究这个问题。

图2：完成我们的研究，一排联邦快递信封等待从加州大学旧金山分校克罗根实验室运出。

我们的团队成员(喊出玛格丽特•Soucheray杰夫•郭Paddy奥利里Fengbo周,海琳Foussard,和戴夫·戈登)相当繁忙的航运和发送质粒为所有请求的人——在世界各地的位置,遥远如欧盟、俄罗斯、印度和沙特阿拉伯,以及在美国和加拿大离家更近的地方。事实上，我们收到了如此多的请求(175个并且还在不断增加)，以至于联邦快递的物资一度用完，我们不得不去加州大学旧金山分校的其他实验室讨要(QCRG网络又来了!)还有，我们不得不提到我们的联邦快递员是最棒的:谢谢，托德!

正如你可以想象的那样，接收不断的电子邮件请求并在共享的电子表格中手动跟踪它们的完成情况也是一件让管理人员头疼的事情，这会占用我们研究的时间。出于所有这些原因，QCRG很高兴与Addgene合作，Addgene将接管发行，以更快地扩大从事这方面工作的科学家网络。

如果你想了解我们在QBI或QCRG正在做的事情，以继续我们为治愈COVID-19的工作，请务必在Twitter上关注我们(加州大学旧金山分校和KroganLab),Instagram,脸谱网.

在Addgene*找到更多COVID-19和冠状病毒相关的质粒和资源

非常感谢我们的博客博客作者Manon Eckhardt（左）和来自旧金山加利福尼亚大学的Melanie Brewer（右）。

Manon Eckhardt和Melanie Brewer是加州大学旧金山分校QBI科学传播团队的成员。他们对促进合作科学特别感兴趣，并让所有人，而不仅仅是科学家，都能接触到它!

*如果您需要用于冠状病毒或COVID-19研究的质粒，请发送邮件至Addgenehelp@addgene.org与您的订单号，所以它可以优先考虑。