改进的质粒地图由SnapGene提供动力

在会议中，在调查中，在推特上——有一件事我们从我们的用户那里反复听到:请，请改进您的质粒图!“经过深思熟虑的设计、审查和调整，我们很兴奋地宣布，我们的质粒和序列显示现在由GSL生物技术公司提供动力SnapGene服务器软件．在SnapGene的序列查看器软件和广泛的功能库的支持下，我们更新的质粒和序列显示现在更容易解释和分析一目了然。为了快速了解事情已经改善了多少，请查看下面的示例。我们的旧地图在左边，而SnapGene驱动的地图在右边(点击此处查看新地图)．继续读下去，了解更多关于我们已经实施的改进，以及它们如何让你更容易找到你需要的质粒。我们将在首次发布后进一步监测和改进地图，敬请期待更多更新。

Addgene的SnapGene驱动质粒图谱概述

三个因素使我们的SnapGene驱动质粒图谱更容易导航。这些实际而有效的改变将使您能够快速找到具有所需特性的质粒。

1. SnapGene的功能库SnapGene的软件可以无缝地识别各种常见的质粒特征，如抗生素抗性基因、可选择标记、启动子，起源，标签，以及某些orf。他们复杂的检测算法可以轻松准确地识别出只有几个核苷酸不同的质粒特征，如荧光蛋白EGFP和mEGFP。金宝搏app下载这些特性中的许多，例如Cas9，没有被我们的内部软件检测到。事实上，SnapGene的功能库包含的功能几乎是我们内部软件所能检测到的功能的三倍，而且还消除了许多干扰旧质粒图的无关orf。
   
   
2. 清楚地注释特征，酶，和引物-新地图上直接标注了大部分特征的身份，使它们更容易被快速识别。
   
   
3. 改进限制性内切酶处理SnapGene软件的职位限制性内切酶在整个地图上标注的位置更好地与它们在质粒中的精确位置对齐。可以检测到的酶的数量比我们之前的绘图软件多了5倍，现在包括了通常用于金门克隆或CRISPR gRNA克隆的IIS型限制性内切酶。

有了这个更多功能的显示器，您可以开始考虑下一个克隆实验在早期。

除了这些简单但强大的显示改进，当你点击任何质粒地图，你也有能力下载静态图像文件(PNG，见上面)供自己参考或直接粘贴到你的笔记本。这将使你更容易与同事分享质粒信息，或当你不在电脑前时向实验室成员解释质粒特征。

地图，序列，和可下载的。gb和。dna文件

一旦你确定了想要了解更多的质粒，更新我们的序列分析仪将允许你深入了解细节。点击“查看所有序列”按钮，查找所有可用序列信息Addgene储户以及我们自己的测序结果:

在这个页面上你可以下载注释基因库文件或用于列出的序列的SnapGene文件。然后，您可以在所选的序列查看器中分析序列。如果存款人提供了自定义的带注释的GenBank文件，可以在主质粒页面的“资源信息”部分找到它。

分析质粒序列

为了更直接、更高级的分析，您可以直接点击“分析序列”按钮，以拉起由SnapGene提供的交互式质粒地图，并获得更多的工具提示信息和序列分析选项卡，包括:

• 地图

• 这是你点击“分析序列”按钮后的第一个选项卡。这里托管的映射保留了上面讨论的静态映射中显示的所有特性，但也具有交互功能。你现在可以将鼠标悬停在任何特征、酶、引物或ORF上，以了解有关它的更多信息。例如，如果你在氨苄西林上空徘徊耐药基因，你会找到该基因的全名，其基因产物的名称，以及对其功能的描述。您还可以单击质粒中的一个位置，然后单击第二个位置，以选择两个位置之间的序列，并将其发送到剪贴板进行复制和粘贴功能。
  

• 序列

• 与质粒图类似，这里的线性序列现在是交互式的，具有类似的悬停特征。与地图选项卡一样，在线性序列中单击两个独立的位置选择两个位置之间的序列，并将其发送到剪贴板进行复制和粘贴功能．
  

• 限制性内切酶

• 在这里你会发现一个限制性内切酶的表格，它可以切断给定的序列。该表包括酶的名称，酶将被切割的位置(以碱基对的形式)，以及它们被切割的总次数。使用右边的过滤器可以找到单刀、双刀和3+刀。您还可以通过点击列头对酶进行排序。在这里点击一个特定的限制性内切酶也会在“地图”和“序列”标签中突出显示它。
  

• 特性

• 这里的表格列出了在质粒序列中检测到的共同特征。该表包括特征名称、位置、大小、用于在地图上表示它们的颜色、方向(如果相关)和类型。所列类型为标准基因库的功能类型．点击这里的特定功能也会在“Map”和“Sequence”选项卡中突出显示该功能。
  

• 引物

• 此标签包含一个列表，列出在给定的核苷酸序列中检测到的常用引物。该表包括引物名称、序列、结合位点位置、长度和方向。点击一个特定的primer也会在“Map”和“Sequence”选项卡中突出显示它。
  

• 爆炸

• 通过NCBI网站使用基本局部比对搜索工具(BLAST)来确定给定序列与核苷酸(BLASTN)或蛋白质(BLASTX)序列数据库之间的相似性。此外，使用BLAST2将定制的核苷酸序列与给定序列进行比对．看这篇博文使用BLAST验证质粒的提示．

• 分析仪指南

• 上面列出的所有选项卡及其功能的快速指南。

我们希望这些更新将使浏览存储库更容易，并快速识别您下次实验所需的质粒和特性。我们要感谢您(我们的科学家社区)提出的这些改变，以及SnapGene和Addgene软件开发团队不知疲倦地工作以实现这些改进。请在下面的评论部分告诉我们你对更新的看法，并继续关注www.szckz.com用于进一步改进地图显示和功能的其他增强。