质粒101:二级纳米体工具箱

由Beth Kenkel.

西方的屁股。elisa。免疫荧光。这些技术有什么共同之处?它们通常都需要二次抗体,通常是小鼠或兔的抗体。虽然抗体肯定没有被“破坏”,但它们的产生确实需要持续的动物牺牲。有没有免疫检测的替代方法?进入Gorlich实验室以及他们的抗小鼠和兔IgG次级纳米体工具箱。纳米体就像微小的抗体,与上面列出的所有分子技术的抗体相比,即使不是更好,也同样有效,但它们也可以在细菌中表达,并用常用的蛋白质纯化方法提取。继续读下去,了解更多关于纳米体的知识,以及它们的结构和功能如何与IgG抗体相比较,以及如何在你的实验室中生产它们。


结构的比较

顾名思义,纳米体是更小的抗体。它们来自一种不同寻常的IgG抗体,叫做a重链抗体(HCab),这是骆驼,骆驼,羊驼和其他骆驼独有的。在结构方面,HCAB就像标准IgG的折叠版本。有关纳米体,HCAB和传统IgG抗体结构的比较,请参见下文。

抗体与纳米体结构的比较

功能比较

强而大:抗体的优点

抗体成为重要的间接免疫检测工具的主要原因之一是其信号强度强。这种信号强度很大程度上是由于它们更大的尺寸(~10-15 nm),这允许以下情况发生:

一)多个多克隆次级igg可结合一抗的不同表位。

B)抗体的每个臂都有一个抗原结合位点,每个抗体总共有2个结合位点。

C)IgG足以足够的多个标签(下面的图2中的绿色圆圈)可以附着在每种抗体上。

nanobodies_fig2-3.png

但做大是一把双刃剑。抗体的大尺寸使得目标抗原和荧光标记之间的距离更大,这可能会降低超分辨率荧光显微镜的潜在图像分辨率。它们的大小也限制了它们穿透组织的能力。由于抗体是大的二价抗体,一抗和二抗不能在一起孵育而不形成大的低聚物复合物。抗体也太大,无法在细菌中表达,这意味着它们的生产需要动物牺牲,并排除了标签或与报告酶融合的基因工程。

对于多色染色,在选择一起使用的抗体时必须使用仔细考虑。最好选择在不同物种中升高的原发性抗体,或者至少来自不同的IgG亚类,使得副抗体仅识别仅识别一个一抗体。可以避免该方法使用直接抗体荧光团缀合物,但它们通常比未缀合的一抗昂贵昂贵。

试剂 优点 缺点
抗体
  • 二价
  • 多克隆
  • 可以用多种染料标记吗
  • 商用
  • 不是重组;需要动物牺牲
  • 可怜的组织渗透
  • 由于较大的标签位移,分辨率降低
  • 需要1°和2°单独孵育
  • 必须使用不同的菌种和/或不同的1°IgG亚类进行多色染色
  • 会很贵
纳米级
  • 重组;不需要动物牺牲
  • 良好的组织渗透
  • 可以用多种染料标记吗
  • 更大的分辨率,因为更低的标签位移
  • 通过预结合到1°,可以跳过2°孵育
  • 单价
  • 单克隆
  • 目前只有抗兔和抗鼠版本可用
  • 不商业上可用

微小但强大:纳米体的优势

尽管抗体一直是免疫检测领域的霸主,但纳米体可能更适合这项工作。作为单结构域蛋白,它们可以在细菌中表达,使纳米体成为一种重组和可再生的抗igg试剂。它们的小尺寸也允许更好的组织渗透,并将荧光标签和目标抗原之间的距离减少到大约2纳米,这可以导致更高的分辨率的超分辨率显微镜。纳米体最多可以用3种染料进行标记,产生与标准IgG二抗相似的信号强度(Pleiner等人图4A-C)。由于它们在不同的IgG亚类和不同物种之间的交叉反应有限,纳米体可用于至多3个目标的共定位标记(Pleiner等人图4D)。

与大的二抗不同,小的纳米体在一起孵育时不会与一抗寡聚。在实验台上,这导致了更短的染色方案,因为一抗体可以通过与标记的纳米体孵育而“标记”。在此预孵育步骤之后,可以将初级抗体-纳米体混合物添加到样品中,从而消除二级抗体孵育。纳米体一步染色与抗体两步染色的对比见下图4A。

两步抗体染色与一步纳米体染色

纳米体还简化了多色染色实验,因为它们不需要使用来自不同IgG亚类的一种抗体。相反,你可以用与所需荧光团偶联的次级纳米体预培养单个一抗。在下面的图4B中,即使用三种IgG1抗体对细胞进行染色,三重共定位也是可能的。在应用于样本之前,分别用Alexa Fluor 488、Alexa Fluor 568或Alexa Fluor 647偶联的次级纳米体孵育抗体。用这种多色染色流程进行染色,可以得到与单个靶细胞染色相似的定位模式(比较图4A和图4B中的纳米体染色)。

纳米体一步免疫染色

如何使用辅助纳米脚码工具箱

你准备好在自己的研究中使用纳米体了吗?太棒了!Pleiner等人已经为你做了艰苦的工作,通过免疫羊驼,从其血清中分离出HCab抗体,并精心筛选、优化和表征几种抗小鼠和-兔纳米体。如果你感兴趣,你可以了解更多关于纳米体是如何识别的这篇评论。如果你只是想使用Pleiner等人描述的纳米体,下面概述了生成纳米体的关键步骤;不需要羊驼。

确定要使用哪种纳米育:

下表总结了Pleiner等人目前提供的纳米体。在选择次级纳米体之前,重要的是回顾一下你的一抗的几个特征:它生长的物种及其IgG亚类。一旦你知道了这两个问题的答案,请参考这个表格来找到适合你工作的纳米体。

物种 抗体子类 纳米脂肪 Addgene质粒
兔子 N / A * TP897

pTP1183 (1 x半胱氨酸)

PTP955(3X半胱氨酸)

鼠标 IgG1 TP886 pTP943 (3 x半胱氨酸)
鼠标 IgG1 TP1107

pTP1112 (1 x半胱氨酸)

TP1122 (3 x半胱氨酸)

鼠标 IgG2a TP1129 pTP1005 (3 x半胱氨酸)
鼠标 卡巴 TP1170

PTP1174(1X半胱氨酸)

pTP1172 (3 x半胱氨酸)

*兔子只有一个IgG亚类。

在细菌中表达纳米体:

表2还提供了在细菌中表达纳米体所需的质粒的链接。注意,纳米体有1倍半胱氨酸和/或3倍半胱氨酸变种。这是指纳米体可与特定标签结合的半胱氨酸位点的数量(更多信息见步骤4)。

用镍柱纯化纳米体:

裂解表达纳米体的细菌,并在镍柱上运行裂解液。由于其n端His14-bdNEDD8标记,纳米体将与柱结合。经过几次洗涤后,这个标签可以被bdNEDP1蛋白酶切割,从而从柱中释放纯化的纳米体。bnedp1蛋白酶可以通过质粒生成PDG02583。

标签Nanobodies:

纯化的纳米体然后通过马来酰亚胺标记用荧光染料或HRP标记。当一个马来酰亚胺基团与巯基(-SH)形成共价键时,就会发生马来酰亚胺标记,例如在半胱氨酸中发现的巯基。可以找到马来酰亚胺共轭的HRP这里和几个maleimide-conjugated在市场上也可以买到染料。

纳米体的马来酰亚胺标记

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参考

1.养老剂,T.,Bates,M.,&Görlich,D.(2017)。抗小鼠和抗兔IgG次级纳米型工具箱。细胞生物学杂志。PubMedPMID: 29263082

2. Bates, M., Böhning, M.I., Chug, H., Görlich, D., Lee, C., Pleiner, T., Schliep, J.E., Stark, H., Trakhanov, S., & Urlaub, H. (2015). Nanobodies: site-specific labeling for super-resolution imaging, rapid epitope-mapping and native protein complex isolation. eLife. PubMedPMID: 26633879公共医学中心PMCID: PMC4755751

3.Muyldermans哔叽。“纳米体:天然单域抗体。”生物化学年度回顾82(2013):775-97。PubMedPMID: 23495938。

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额外的资源

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